La misión del NCEH en esta área es la de ofrecer su liderazgo al nivel nacional e internacional para la coordinación, realización y evaluación de servicios de emergencia y salud ambiental.

El NCEH ayuda a las agencias locales, estatales, federales e internacionales en la planeación de sus operativos de respuesta ante situaciones de emergencia. El NCEH también responde a los llamados de emergencia y recuperación después de catástrofes tecnológicas (como escape productos radioactivos, químicos o biológicos) o naturales (como huracanes, tornados, terremotos, erupciones volcánicas o inundaciones).

El NCEH estableció y mantiene la "Reserva Nacional de Productos Farmacéuticos" diseñada para garantizar un envío inmediato de productos farmacéuticos que pueden salvar la vida de víctimas de un ataque terrorista. El NCEH también ofrece apoyo técnico para actividades de salud pública en emergencias internacionales, incluyendo conflictos civiles, catástrofes y hambruna.

El NCEH ofrece una serie de servicios de salud ambiental que le permiten tanto a los especialistas como a las agencias anticipar, identificar y responder mejor a los problemas ambientales y limitar sus efectos en la salud del público. Entre otros, los servicios del NCEH incluyen el ayudar a proteger la salud de los visitantes a los parques nacionales y de quienes viajan en cruceros que atracan en puertos de Estados Unidos, garantizar la seguridad del público y de los trabajadores durante los operativos de desecho de armas químicas, y dar información y consulta en una amplia variedad de asuntos relacionados con la salud ambiental. @